De acordo com o Art. 2 do Regimento Interno do GPB seu objetivo é:

 

"Contribuir para a gestão participativa e integrada do Ecossistema Babitonga, com ações que assegurem a proteção da diversidade biológica e cultural, o disciplinamento da ocupação e a sustentabilidade dos usos dos recursos naturais, além da participação multissetorial para a implantação das diretrizes das políticas nacional, estadual e municipal do meio ambiente e do gerenciamento costeiro no que diz respeito à sua área de atuação (Ecossistema Babitonga), conforme objetivos específicos, metas e diretrizes que compõem o documento intitulado Plano de Gestão Ecossistêmica (PGE). Por sua vez, entende-se por Ecossistema Babitonga o território compreendido pela lâmina d’água da Baía Babitonga (177,30km²) até os limites de ocorrência de vegetação de manguezal (81,79km²) à montante, na porção costeira da barra da baía Babitonga até a isóbata de 20m ao leste, em uma faixa entre a foz do rio Saí-Guaçú (25°58.400’ S 048°35.700W), em Itapoá (ao norte) e a foz do rio Itapocú, em Araquari (26°34.900’S 048°39.700’W), ao Sul."

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