Grupo de Trabalho de Pesca (GT Pesca)​

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O GT pesca busca colaborar para o ordenamento pesqueiro no Ecossistema Babitonga, auxiliando na mediação de conflitos e produção e divulgação de informações, funcionando como um canal importante de comunicação entre os pescadores artesanais e o GPB.

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Grupo de Trabalho de Gerenciamento Costeiro (GT GERCO)

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O GT GERCO busca articular uma aproximação entre o Grupo Pró-Babitonga, o Programa Estadual de Gerenciamento Costeiro de Santa Catarina (GERCO SC) e os municípios que margeiam a Baía Babitonga para colaborar com a gestão integrada desse ecossistema.

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Grupo de Trabalho de Licenciamento Ambiental

(GT Licenciamento Ambiental)

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O GT Licenciamento Ambiental tem por objetivo avaliar a capacidade de suporte do Ecossistema Babitonga, buscando o desenvolvimento sustentável e promovendo a implementação de políticas públicas para minimizar conflitos de uso na Baía Babitonga, a integração entre os órgãos licenciadores e a padronização dos licenciamentos ambientais.

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Grupo de Trabalho de Comunicação (GT Comunicação)

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O GT Comunicação orienta ações de comunicação do GPB informando sobre as ações do colegiado a fim de engajar a sociedade a fazer parte dos diálogos acerca da gestão socioambiental do Ecossistema Babitonga. Também visa promover a valorização do patrimônio natural e cultural da Baía Babitonga por meio da divulgação de matérias nos canais de comunicação aproximando os cidadãos e o Grupo Pró-Babitonga.